Bis 1464 vom Pfarrer von Waltenhofen betreut
ab 1464 Stiftung einer ewigen Messe durch Ritter Stephan von Schwangau; ab dieser Zeit Kaplanei
ab 1636 Kaplanei-Kuratie
ab 1689 Kuratie
ab 04.05.1864 Pfarrkuratie
ab 07.06.1909 Pfarrei
Das Besetzungsrecht übte der Bischof von Augsburg aus. Das heißt seit Anbeginn (1464) bis zum 03.06.1785 bestimmte der Bischof wer an die Kaplanei- oder Kuratiestelle eingesetzt wurde. Im Tauschvergleich vom 03.06.1785 trat der Bischof dieses Recht für Niederhofen und Waltenhofen an den bayerischen Churfürsten ab. Bis zur Revolution 1918 hatte der bayerische König dieses Patronat inne, seitdem übt wieder der Bischof von Augsburg dieses Recht aus.
Nach einer Notiz im Pfarrurbar erfolgte am 1. Juli 1701 die feierliche Grundsteinlegung durch Pfarrer Bartholomeus Essendir von Pfronten in Anwesenheit des Herzogs Maximilian Phillip und seiner Gattin Eleonora von Bulion. Zu diesem Zeitpunkt konnte noch Niemand erahnen welch mühevoller und langer Weg bis zur entgültigen Fertigstellung des Kirchenbaues zu beschreiten sein würde.
An der Stelle, an der die heutige Pfarrkirche St. Michael steht gab es bereits mehrere Vorgängerkirchen oder Kapellen. Die erhaltenen Aufzeichnungen darüber sind allerdings sehr spärlich.
Die Seelsorge in Niederhofen wurde von dem jeweiligen Pfarrer von Waltenhofen ausgeübt. Schon 1328 gebot Friedrich, Bischof von Augsburg dem Pfarrer zu Waltenhofen, ?dass er alle Tag wenn er die Mess lesen woll oder mag, die erste Mess in Waltenhofen in der rechten Pfarrkirch und Mutter haben muss, desselben Tags soll er dann auch eine Mess haben zu Niederhofen in der Tochterkirche.?
In früheren Zeiten stand hier ein kleines Kirchlein; war doch Niederhofen nur eine Filiale der Urpfarrei Waltenhofen und hatte deswegen weder Tauf- noch Beerdigungsrecht. Die Pfarrer von Waltenhofen betonten denn auch immer diese Nebenstellung der Kirche in Niederhofen. Im Pfarrurbar lesen wir 1327 ?Item weisen wir darauf hin, dass die Kirche zu Nyderhofen keine Pfarrkirche ist, sondern eine Filialtochter und Capel, gehoerend in die Pfarrkirche zu Waltenhofen.?
Weihbriefe liegen vor von Weihbischof Wilhelm aus dem Jahre 1422, wo dieser die Filialkirche in Niederhofen reconciliierte und den Hochaltar weihte. Vom 05.07.1448 wo Weihbischof Wilhelm wieder eine Reconciliation vornahm und den Seitenaltar gen Norden zu Ehren des hl. Bekenners Bernhard, des Martyers Sebastian und der 11.000 Jungfrauen weihte.
Warum in so kurzer Zeit 2 Reconciliationen notwendig wurden, wissen wir nicht; vielleicht war die Kirche in den häufigen Fehden der bayerischen Herzöge entweiht worden.
Ritter Stephan von Schwangau, dessen Epitaph in den Sockel des rechten Chorbogenpilasters der heutigen Kirche eingemauert ist, bereitete Schritt für Schritt die Stiftung einer eigenen Seelsorgestelle in Niederhofen vor. Zuerst erwarb er vom Bischof in Augsburg die Erlaubnis des Taufens. Die Urkunde darüber ist im Pfarrurbar aufgezeichnet.
1462 erlaubt ?Peter von göttlichem Erbarmen der heiligen römischen Kirchen, Kardinal und Bischof von Augsburg? in einem am Sankt Franziskustag in Füssen abgefassten Brief die Aufstellung eines Taufsteins und die Spende der hl. Taufe in der Kirche zu Niederhofen.
Die große Ausdehnung der Pfarrei Waltenhofen brachte auch den dortigen Pfarrern große Beschwernis. Wenn die Geistlichen tatsächlich an einem Tag in Waltenhofen und Niederhofen Gottesdienst halten mussten, wie von Bischof Friedrich bereits 1328 bestimmt, so mag dies besonders in Winterzeiten recht unangenehm gewesen sein. Es ist darum zu verstehen, dass sich der Gerichtsherr Stephan von Schwangau mit der Stiftung einer ewigen Messe nach Niederhofen besonderen Verdienst erwarb. Die Geistlichenstelle, die damit errichtet wurde, war nach heutigen Begriffen eine exponierte Kaplanei. Die Rechte und Pflichten wurden im Stiftungsbrief von 1464 festgelegt.
Wahrscheinlich erfolgte um diese Zeit auch ein Neubau der Kirche, denn im Oktober 1463 erfolgte eine Kirchweihe. Der Weihbrief lautet verdeutscht also: ?Jodokus durch Gottes und des heiligen apostolischen Stuhles Gnade Bischof zu Adremit, auch des hochwürdigsten Vaters in Christo, Herrn Paulus, durch göttliche Barmherzigkeit zum hl. Vitalis, der hl. Römischen Kirche Kardinalpriesters und Bischofs zu Augsburg, Generalvikar, tun hiermit allen und jedem Christgläubigen, die diesen Brief lesen kund, dass wir im Jahre 1463 am vorletzten Sonntag des Monats Oktober geweiht haben; die Filialkirche zum hl. Michael in Niederhofen, gehörend zur Pfarrkirche in Waltenhofen, Diözese Augsburg, zugleich mit einem Teil des Friedhofs und zwei Altären. Und zwar die Kirche zu Ehren des Erzengels Michael, den Hochaltar zu Ehren des selben hl. Michael, der allerseligsten Jungfrau Maria und der hl. Jungfrau Barbara. Den anderen Altar, gelegen auf der rechten Seite zu Ehren des hl. Erzmartyrers Stephanus, der hl. Jungfrauen Agnes und Agathe.
Ferner haben wir angeordnet und bestimmt, dass die Kirchenweihe besagter Filialkirche für alle Zeiten feierlich begangen werde am nächsten Sonntag nach der Osteroktav. Auch gewähren wir auf Wunsch allen, die, die erwähnte Kirche an der Kirchweihe, an Weihnachten, an der Auferstehung unseres Herrn Jesus Christus, an Pfingsten und an allen Festen der seligsten Jungfrau Maria und der Patrone, andächtig besuchen und sich hilfreich erweisen, bauend auf Gottes Barmherzigkeit und auf die Macht der Apostel Petrus und Paulus, so oft dies zutrifft, einen Ablass von 40 Tagen für schwere und ein Jahr für leichte Kirchenstrafen. Zu erwähnter Urkund haben wir unsere Pontifikatsiegel anhängen lassen. Gegeben und geschehen im Jahr und Tag und Ort wie oben steht.?